５． 遺伝メカニズムの考察
（１） 個人と集団の基本的な遺伝特性：
細胞の呼吸をつかさどるミトコンドリアに含まれるＤＮＡは、塩基総数が約１６５００、測定されるのはその一部（Ｄループ： １１００個の遺伝に関わらない塩基列部分（＝”がらくたＤＮＡ”）、変化が激しいので個人差がよく現れ系統樹が作成できる）のさらに一部（４８２個、１９０個などの塩基列）で、それぞれミトコンドリアＤＮＡ全体の１～３％程度。
父親の精子によって１００個程度のミトコンドリアが受精卵に持ち込まれるが、それにはユビキチンというたんぱく質がついていて、その目印のついたミトコンドリアを選択的に破壊するメカニズムが知られている。（時々破壊されないで残る場合がある） したがって、ミトコンドリアのＤＮＡは母親からのものであり、さらにそれは祖母からのものであり、曾祖母から・・・のものであると辿っていく事ができる。（母系遺伝） したがって、あらゆる人の”母方”は一人の女性に行き着く。（ウィルソンのミトコンドリア・イブ） その遺伝の途中で、突然変異が起こっている（ＤＮＡの何個かが入れ替わっている）ならば、入れ替わった地点が「分岐点」であり、人種の分類を決める系統樹を形作ることができる。
ミトコンドリアＤＮＡの調査結果によると、日本人の１０数％については、母方がアフリカ・中東系に近い人からのものであることが”しるし”として残っているのである。
また、一般の形質は、父と母からおおむね半々を受け継ぎ、ある人の遺伝子の各部分はそれぞれ何代か前のある祖先からのある部分が発現していることになる。したがって、たとえば一人のアフリカ人の父や母が祖先の中にいたとしても、アジア人の血が次第に濃くなるならば、形質は全くの”アジア人”になってしまう。形質の一つである血液蛋白の分析では、アジア６集団（韓国人、モンゴル人、本土日本人、チベット人、アイヌ人、沖縄人）はヨーロッパ、アフリカなどに比べ非常に接近していた。他の形質についても差は緩やかにしか現れない。（・二重まぶた：アイヌ人９６．８％、朝鮮南部４２．１％、・アフリカ南部のレンバ族のＹ染色体のＤＮＡには、レビ族（祭司階級（ｺﾊﾆﾑ）、アロンの子孫）に特有の塩基列があるが、外見上は完全な黒人である。）
したがって、一般的な形質については、集団間の相対的な遺伝距離しか知ることができない。
さらに、Ｙ染色体の遺伝子は、もっと単純なメカニズムによって父系遺伝する。約１/２の確率でＸＹに結合した受精卵は、Ｙ染色体上にあるＳｒｙ（スライ）遺伝子が身体が男性になるように指示する。核ＤＮＡの塩基数は約６０億個で４６本の染色体に収められている。（ミトコンドリアの塩基数の約４０万倍） このうち、Ｙ染色体のＤＮＡは６０００万塩基であり、しるしとなるＹＡＰはそのうちのわずか３００塩基の部分である。常、Ｘに比べ、Ｙ染色体ＤＮＡは機能を持つ遺伝子が極めて少ない。 当然、Ｙ遺伝子の調査対象は男性のみであり、男性にいわゆる”縄文系”、”弥生系”の区別があり、女性にはこの区別がない。（ｃｆ． ミトコンドリアは男性も女性も持ち、しかも母系遺伝する。）
ただし、Ｙ染色体遺伝子は、しばしばＤＮＡが欠落し正確に伝わらないことがある。
（２） Ｙ染色体ＤＮＡによるマナセとエフライムの考察：
Ｙ遺伝子ＤＮＡによる世界の分布と、アミシャブによるマナセのいる所の調査結果から、このエフライムとマナセの２部族だけがＤ系統の父系遺伝を持つらしいことが分かった。
このことには、次の５つの可能性が考えられる。
① エフライムとマナセの元の集団が純粋なヨセフのＹ遺伝子を持っているとして、南北朝分裂の後、イスラエル近辺にいた偶像崇拝のハム系の民（カナン人、ペリシテ（＝パレスチナ）人、フェニキア人など）の父方集団の血がかなりこの集団に混合し、そして皮肉なことに、そのハム系のＤＮＡが逆に、エフライム族、マナセ族のしるしとなっているという見方である。（ホセ７：８－１６などの記述参照）
Ｅ系統は、アフリカにきわめて多い（モロッコ８０％、南アフリカ５０％、中央アフリカ・ピグミー６０％、カメルーン７０～８０％）ので、純然たるハム系である。また、古代ヘブル人のＤＮＡは、レビ人以外は明確になっていない。このレビ人にもかなり混じっている。（エチオピアのユダヤ人Ｅ：３２％、Ｄ：０％）
しかし、アイヌ人のようにＤ２の比率が８８％と、混じったにしてはあまりにも高率であり、また、日本人にＥ系統が見られないこと、地中海沿岸や他のアフリカ地域にＤ系統が全く見られないこと、同様に姦淫したであろう他のイスラエル８部族や南の２部族（ユダ、ベニヤミン）からＤ系統が見出されないことなどから、この考えは即受け入れることはできない。姦淫は、イスラエルの国内や部族内のみで行なわれたと思われる。ホセア書の記述は、Ｙ染色体の遺伝子ではなく、一般形質の遺伝子について、この時、また、後の日本での時代にも混じったことを意味する。
＊ レバノン（セム言語系） Ｅ２６％、Ｆ１６％、Ｊ２９％、Ｒ１６％（３１人）、
シリア（セム言語系） Ｅ２０％、Ｆ３０％、Ｊ１５％、Ｒ２５％（２０人）、
トルコ（アルタイ言語系） Ｅ１６％、Ｊ４０％、Ｒ１４％、他Ｇ、Ｉなど（３０人）、
グルジア（カフカス言語系） Ｅ０％、Ｇ３０％、Ｊ３３％、Ｒ２８％（６３人）、 などとなっていて、Ｄ、ＤＥ＊系統は無い。
② それ以降のアッシリア捕囚のとき、同じアフガニスタン北部にＤ系統の別の民族がいっしょに強制移住させられ、その後、エフライムとマナセと移動を共にしたという考え方。これも、現在のパレスチナやアフガニスタン近辺などの西アジアにＤ系統の民族が全く存在しないことから考えにくい。
③ また、イスラエルの民が４００年間のエジプト滞在中、及び、出エジプトの時に、エジプト人の血が混じったという考え方。これも、エジプト人がイスラエル人とともに食事をすることさえ忌み嫌っていたこと（創４３：３２）、エジプトでイスラエルが別の居住区に住み、奴隷として使われていたことなどから、それほど多くないと考えられる。出エジプトの民の中に、在留異国人（エドム人（エサウの子孫・毛深い）、エジプト人）やエジプト人を父、イスラエル人を母とする者が一部いたことは確かである。（申２３：７、レビ２４：１０）
④ 日本人のＤ系統が、そもそもエフライムなのではなく、シュメール人（バビロニア、シヌアルの地 ； ハム系）が出身母体で、その地の民は滅びてしまった、という考え方。シュメール人も、歴史の中に忽然と現れ、また突然消えた民である。しかし、古代日本のイスラエル性だけでなく、同じＤ２系統のチベット近辺の民が、アミシャブが認めているマナセ族の末裔であることから、Ｄ２が文化的なイスラエル性を持つ人種であり、歴史の終わりに５０００もの神々を持つようになったシュメール人が日本人であるとは考えにくい。（宗教的には、アイヌ人はその後北方アジアの影響を受けてアニミズムに変わり、本土人は渡来人による影響を受けて仏教になったと考えられる。） また、縄文人の中に、シュメール人特有の”楔形文字”や”青銅器”などの文化は全く伝わっていなく、ゆるやかな移動の途中と思われる道筋（南アジア・ルート、ユーラシア大陸）にもＤ系統やそれらの文化は見出されない。
（＊ 戦前の”シュメール-日本人説は、戦時下の日本人の士気を鼓舞し、日本人の優越感を植え付けるために吹聴されたものに過ぎない。）
また、アブラハムがカランを出る時、「カランで加えられた人々を伴っていた。」（創１２：５） もし、彼らシュメール人がＤ系統の特徴を持つならば、その特徴はイスラエル１２部族のすべてに行き渡っているはずであるが、他の１０支族やアラビヤ人（アフロ・アジア語系、イシュマエルの子孫＝母ハガルはエジプト人（創２５：１２））などにはこれがない。（Ｅ系統は存在する）
残る可能性としては、次のようなものである。
⑤ やはり、マナセ、エフライムが特別なＤ２系統であるという説は捨てがたい。状況としては、Ｄ、Ｅ系統は昔、共通祖先から分岐したはずであるにもかかわらず、現在はアジアの東西に偏極し、地理的にＤ、Ｅが同時に存在して重なる地域がない。（ウズベキスタンにはわずかに両方ある） しかし、Ｄ２の多い日本本土・琉球とチベット近辺にのみ、それぞれエフライム、マナセとしての古代ユダヤの伝統が受け継がれている。さらに、日本、チベット、東アジアには、ユダヤ性を伝えたと考えられるセム系らしい系統（Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ）が全く存在しない。（ただし秦氏の多い近畿・関西などは、現在のところ調査データが無い） したがって、Ｄ２を持ち、なおかつ、ユダヤ文化の独自性を持った大きなグループが、短期間で東の方へ移動して、朝鮮半島から日本に入って住みついた、としか考えようがない。
系統の分岐はＤＮＡ配列の突然変異によって出来、しかも、ＤＥ*祖型からＤとＥへの分岐はかなり昔の段階にある。（ＤＥ*祖型はナイジェリアに存在するらしいことが５例報告されている）
すると、１２部族のうちのエフライムとマナセだけがＹＡＰなどの挿入部をもつＤ系統であることから、ミトコンドリアＤＮＡの結果の考察と同様に、集団ではなく昔の個人、すなわち、エジプト人であるヨセフの妻のＤＮＡが突然変異したことが考えられる。では、どのようにして突然変異したのだろうか？
精子（ＸＹ）と卵子（ＸＸ）が受精する時に起こりやすい突然変異を考える。
一つのＤＮＡ塩基が別の塩基に変化する”置換型”突然変異よりも、すでに存在するＤＮＡ配列の”挿入”や”不等交叉”の突然変異の方がはるかに起こりやすい。たとえば、色覚異常について、Ｘ染色体上の赤オプシンと緑オプシンの遺伝子は近接して位置しており、ＤＮＡの配列も似ている。（”遺伝子重複”によって作られたと思われる） これらの遺伝子は時々混じり合い（不等交叉）、遺伝子の配列がモザイク状になって、色覚異常を引き起こす。
もし、ＹＡＰ+という、ＤＥ*、Ｄ、Ｅ系統を特徴付ける塩基配列がヨセフの妻（ハム系）のＸ染色体のどこかに隠れて存在していたならば、それが受精の時に、ヨセフ（セム系）のＹ染色体のＤＮＡの中に”挿入型”突然変異として入り、息子（マナセ、エフライム）のＹ染色体ＤＮＡはＤ系統に変化してしまった（ここから、Ｄ系統がスタートした）と考えられる。
ＸＹ（ヨセフ） + ＸＸ（ＹＡＰ）（ＤＥ*：アセナテ） → ＸＹＹＡＰ（Ｄ：マナセ、エフライム）
現在、エフライムを自称する民族は多いので、神様は、この特別な変異のしるしを エフライムとマナセだけに与えたのではないだろうか？
このような特別な遺伝をした場合、アセナテからのハム系の遺伝子が入ったのは１回きりだから、一般形質としてはセム系の形質がある程度は残っていると考えられる。（・彫りの深い顔、・毛深い、・長い手足、・低い身長 ・・・ ｃｆ． ハム系のカナン人は背が高かった（民１３：３２－３３））