１． Ｙ染色体ＤＮＡ分析の系統樹と世界分布：
ミトコンドリアＤＮＡが女系遺伝するのに対し、Ｙ染色体は男系にのみ遺伝する。このように、男系または女系の片側だけに引き継がれる場合、系統樹を形作ることができる。（父、母の両方から約半分ずつ受け継ぐ一般の遺伝においては、系統樹を作ることはできず、グループ間の遺伝距離だけが明らかになる。） この系統樹と分布を追うことによって、Ｙ染色体遺伝子のＤＮＡがどこから発祥し、どのように移動して行ったかを推定することができる。（＊ ただし、Y染色体DNAの伝達は、必ずしも絶対的なものではなく、その特徴あるDNAが伝わらないことがよく起こる。もちろん、男系の家系が守られていないグループではこの原理は成り立たない。）
２００１年から２００４年まで調べられた世界のＹ染色体ＤＮＡの系統樹と分布は次のとおりである。（各数十－数１００人規模のデータ、系統樹の縦軸の長さは、ＤＮＡの変位の数（分岐の時間）に比例する）
＊ 系統樹によるグループ間の近縁性と世界の分布から、 A－E： ハム系人種、 F－J： セム系人種、 K-R： ヤペテ系人種 と考えられる。
（ → 系統樹の詳細 ）
これによると、日本のＹ染色体ＤＮＡは非常に特徴ある分布となっている。
日本は、チベットと同じ Ｄ系統が半分近くも入っているが、その他の地域にはほとんど存在しない。驚くべきことに、このD系統は、アジア人種よりもアフリカ発祥の A、B系統に近く、地中海沿岸やアフリカ大陸に広く分布する E系統と、古い時代に分岐したものとなっている。（日本： Ｄ2のみ ４０－５０％、 チベット： Ｄ1 １６％ ＋ Ｄ2 ３３％、その他の地域では D1、D2共非常に少ない。）
東アジアの地域全体には Ｏ系統が広く分布し、Ｄ系統はＯ系統に駆逐され、島国の日本や山岳のチベットにのみ Ｄ系統が残ったと考えられる。すなわち、端的に、先住の「縄文人」はＤ系統、朝鮮半島から渡来してきた「弥生人」はＯ系統（＋ C系統）（O2ｂ、O3： 華北起源、C3： 北方アジア起源）という説が主流となっている。（D系統の生殖能力は低いとされている） C系統は、C3のみで、すべて北方系である。（沖縄のみ C1） このように、日本人の大部分は、縄文人も弥生人も華北あたりから朝鮮半島を通って日本列島にやって来たことがわかり、縄文人－南方起源説は間違いであるといえる。
表の九州（２８％）は福岡市（大陸からの玄関口）のみのデータであり、実際には九州でもD2系統は多いと思われる。HTLV-Ⅰウィルスが朝鮮半島で少なく九州（長崎、五島列島）で多いこととの関連が期待される。また、関西方面のデータが無く今後の調査が待たれるところである。アイヌには、最も高い D2の集積（８８％）があり、O系統が無い。このD2系統の南限は沖縄本島までであって、それ以南の八重山諸島には D系統が存在しなくなる。すなわち、温暖な縄文時代には、広く北海道から沖縄本島まで D2系統の縄文人（漁労、狩猟の民）が住んでいたと考えられる。その後、土地の隆起・沈没、気候の寒冷化のため、弥生人（農耕民）は北海道へは移動できなかったと考えられる。
