ミトコンドリアＤＮＡ分析（母系遺伝）では、日本人を構成する系統は大体２種類に分けられ、しかもその一つはアジア系ではなく、むしろアフリカ系に近い、アジア系とは非常に異なるＤＮＡが含まれていることが明らかになった。（Ｙ染色体の遺伝子がほとんど機能を持たない形式的な”しるし”であるのに対し、常・Ｘ染色体の遺伝子は、人種の形質に大きな影響を与える。）（ → ミトコンドリアＤＮＡの系統樹 ）
一方、父系遺伝するＹ遺伝子のＤＮＡには、さらに明らかな大きな特徴があることが判明している。旧石器時代（？）にシベリア経由で北海道に来たＣ３系統（中央・北アジア系）、縄文時代（？）に華北・朝鮮半島経由で来たＤ２系統、弥生時代に同じく華北・朝鮮半島経由で来たＯ２ｂ、Ｏ３系統（東アジア系）が、北海道（アイヌ）から沖縄島までの日本列島のヒト集団を形成したと考えられる。
日本列島のＤＮＡは、このＤ、Ｏ系統でほとんどを占め、Ｄ２の割合は半分弱にも達する。Ｄ２は日本列島にまんべんなく分布し、特にアイヌ人には９割近くも集積している。（本土の山間部にもやや多い。） 大陸からの弥生人が流入した地点の九州では若干少ない。沖縄島では若干多いが、それよりも南の八重山諸島にはＤ２は無い。
このＤ２系統には、特徴的な変異：「ＹＡＰ」（ヤップ）とよばれる挿入部分（３００塩基）をもち、これは Ｄ、Ｅ系統のみに含まれ他には存在しない。Ｅ系統は、北・西アフリカ、ナイル川沿い、地中海沿岸などのアフリカ・中東に広く分布し、ナイジェリアにその祖型（ＤＥ*）があるという報告がある。そこからかなり昔に分岐した Ｄ系統は、現在、日本とチベットのみに著しい集積が見られ、他の地域では非常に少ないか全く無い。
東アジアで比較的多い朝鮮でさえ２〜４％と少ないということは、絶滅されたというよりは、その中心集団が日本列島に移動しきったためと考えられる。
また、イスラエルの失われた１０部族の調査機関、『アミシャブ』によると、このチベット近辺には、シンルン族（メナシュ（＝マナセ）族）、カレン族、チャンミン族という１０部族、特に、マナセ族の宗教・伝統を今もなお継承している民族が存在していることが明らかにされている。また、アミシャブは日本について、文化的考察から、日本人と失われた１０支族の間に何らかのつながりがあることを否定できないとしている。
唯一、特別な動きをしたヨセフの記録は、創世記４１：５０−５２に書かれてある。ヨセフの妻 エジプトのオンの祭司ポティ・フェラの娘アセナテからそのままエフライム、マナセに入ったが、母系遺伝するミトコンドリアＤＮＡの分析ではよく説明していると見ることができた。
しかし、Ｙ染色体の遺伝子は単純に父系遺伝するので、ＹＡＰ他のＤ系統の特徴が、あたかも先祖の父親がハム系のように見えるのである。これは、５．で考察する。
マナセ族の末裔の居住地（ｂｙ．アミシャブ）：
